制藥廢水是一種具有高濃度、高毒性、高污染性的廢水，其處理難度較大。為了有效地處理制藥廢水，要對其進行分類處理。

一、按污染物性質分類
1.有機廢水：這類廢水主要來源于化學合成、發酵、提取等制藥生產環節。有機廢水中含有各種有機化合物，如抗生素，激素，維生素等，具有高濃度的生物毒性和化學毒性。
2.無機廢水：這類廢水主要來源于原料藥生產、洗滌等環節。無機廢水中含有高濃度的無機鹽、重金屬離子污染等物，對環境和人體健康產生危害。
3.生物廢水：這類廢水主要來源于生物制藥生產過程。生物廢水中含有高濃度的微生物、病毒、細菌等生物污染物，容易導致疾病的傳播。
4.綜合廢水：這類廢水主要來源于制藥生產過程的諸多環節，含有多種類型的污染物，如化學物質、有機物、無機物和生物污染物等。
二、按廢水來源分類
1.原料藥生產廢水：這類廢水主要來源于原料藥的合成、精制、結晶等過程，含有大量的有機物、無機物和重金屬離子。
2.制劑生產廢水：這類廢水主要來源于藥品的灌裝、包裝等過程，含有大量的有機物、微生物和病原菌。
三、按處理方法分類
1.物理處理法：吹脫法、反滲透膜分離法、吸附法、氣浮法，主要用于去除廢水中的懸浮物和部分溶解性物質。
2.化學處理法：電氧化分解法、高級氧化法、化學混凝法、芬頓氧化法，主要用于處理廢水中溶解性物質和部分有機物。
3.生物處理法：好氧、厭氧生化處理法、生物膜法，主要用于去除廢水中有機物和微生物。